A magyar merinó fajta elődjének, a magyar fésűsmerinónak a kialakítása a XX. század 20-as, 30-as éveiben különböző merinó típusokra (német húsmerinó fajták, szovjet merinófajták) és helyi fajtákra (racka, hosszúgyapjas német-sváb juhok) alapozva kezdődött meg. 1993-tól önálló törzskönyv alapításával indult meg az egységes magyar merinó kialakítása, ezzel egy időben szűnt meg a merinó alfajták felhasználása a fajta nemesítésében.
A hazai gyapjúipar háttérbe szorulásával a korábban keresett merinó gyapjú szinte értéktelen melléktermékké vált, a piaci igények változásának köszönhetően a fajtafelhasználás pedig a húshasznú fajták irányába tolódott el.
Fentiek, valamint az európai uniós csatlakozás óta tapasztalható folyamatos juhállomány csökkenés a magyar merinó törzsállomány beszűküléséhez vezetett, továbbá a tenyészetek száma és a törzsállomány nagysága rohamos csökkenést mutatott az elmúlt 10 évben.
A törzskönyvezett magyar merinó anyajuhok száma 2000-ben még 29 862 volt, a törzstenyészetek száma pedig 84, a fent említett okok miatt azonban 2013-ra a törzskönyvezett anyajuhok száma 4 094-re, a törzstenyészetek száma pedig 36-ra csökkent, ezért indokolttá vált a fajta védelme és génállományának megőrzése.
A fajta védelmének elsődleges célja, hogy annak genetikai állományát − a fajta kialakulásakori állapotára jellemző, változatlan formában − hosszú távon, biztonságosan megőrizzük, a jelenlegi lecsökkent létszámot fenntartsuk vagy tervszerűen növeljük, illetőleg szükség esetén az eredeti típusban megőrzendő állományt a termelési céllal szelekcióba vont populációtól törzskönyvileg elkülönítsük.
A Vidékfejlesztési Program keretében a 2014-2020-as időszakra vonatkozóan meghirdetett, a védett őshonos és veszélyeztetett mezőgazdasági állatfajták megőrzéséről szóló jogcím alapján a génmegőrző állományok egyedenként 45 euró (13 000 - 14 000 Ft) a fajtafenntartó állományok esetében pedig egyedenként 24 euró (7 200 Ft) támogatás vehető igénybe.
